با گذشت قریب سه دهه از آغاز جنگ، در اواخر سال 1386، این مرکز برای دورهء جدید به بازنگری ساختار، مأموریت­ها و وظایف خود پرداخت و با رویکردی نو و اصلاحی، وارد عرصهء جدیدی شد، زیرا تبیین وقایع جنگ هشت سالهء ایران و عراق با اهمیت تاریخی و پیامدهای آن، نیاز به عزم و ارادهء ملی داشت. برای تحقق این مهم، مقارن با شروع دورهء جدید نام مجموعه نیز به "مرکز اسناد و تحقیقات دفاع مقدس" تغییر یافت و مأموریت­ها و وظایف و سازمان آن گسترش یافت و جایگاه جدید آن تثبیت شد. در چشم­انداز بیست ساله، برنامه ­های پژوهشی مبسوطی پیش­ بینی و در مقولات متعددی دسته بندی شده است؛ از جمله: مطالعات عام نظامی، مطالعات جامعه محور در عملیات­ها و صحنه­ های نبرد، مطالعات تخصصی شامل راهبردها و تحولات و تصمیم­گیری­های طرفین منازعه، تاریخ و پژوهش­های شفاهی، موضوعات سیاست و جنگ، جامعه و دفاع مقدس، دین و دفاع مقدس، رهبری و دفاع مقدس. همچنین تمهیدات لازم برای تهیه و انتشار فصلنامه­ ها و ماهنامه ­های جدید نیز به موارد پیشین افزوده شده است.